Общий сценарий контроля качества
Анализ многих геномных данных начинается с общих процедур, включая контроль качества входных данных.
Для этого на языке Nextflow написан специальный сценарий.
Входными данными для этого сценария являются FASTQ-файлы, полученные в ходе секвенирования.
Сценарий состоит из 3 шагов:
- программа FastQC - контроль качества прочтений;
- программа MultiQC - сводный отчет по качеству всех прочтений в проекте;
- вызов биоинформатической платформы для разбора и загрузк
This is a companion discussion topic for the original entry at github.com/genespace-workflows/general/fastqc